Vào tháng 3 năm 2008, Trung tâm Giao lưu Văn hóa Nhật Bản tại Việt Nam chính thức được thành lập tại thủ đô Hà Nội và cũng là văn phòng đại diện thứ 5 của Quỹ ở khu vực Đông Nam Á.
Từ khi thành lập đến nay, Trung tâm đã có những đóng góp không nhỏ trong việc hỗ trợ các hoạt động giáo dục tiếng Nhật tại Việt Nam, trong đó, hoạt động chính của Trung tâm là hỗ trợ giáo dục tiếng Nhật tại các trường Trung học cơ sở của Việt Nam. Ngoài ra, Trung tâm cũng mở rộng hoạt động trong các lĩnh vực văn hóa khác với mục đích tăng cường mối quan hệ hiểu biết giữa nhân dân hai nước Việt Nam – Nhật Bản từ mức độ cơ sở tới mức độ hàn lâm.